2003年6月，合肥联合大学、合肥教育学院、合肥师范学校三校合并成立合肥学院后，设立社会科学与管理系，内设历史、马克思主义哲学、邓小平理论、思想道德修养、法律基础等教研室，负责全院“两课”教育教学工作。2004年8月，成立基础教学部，内设“两课”教研室，后改为思想政治理论课教研室，包括思想道德修养与法律基础、中国近现代史纲要、马克思主义基本原理概论、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论4个课程组，负责全院思想政治理论课教育教学工作。2011年3月，成立独立的“思想政治理论课教学部”，下设思想道德修养与法律基础、马克思主义基本原理概论、中国近现代史纲要、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、当代世界经济与政治和形势与政策5个教研室，负责全院思想政治理论课教育教学工作。2016年11月，思想政治理论课教学部更名马克思主义学院。现设有思想道德与法治、中国近现代史纲要、马克思主义基本原理、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、习近平新时代中国特色社会主义思想概论、形势与政策、研究生思政课教研室7个教研室，负责全校思想政治理论课教育教学工作。

马克思主义学院现有教师45人，其中安徽省委讲师团高端宣讲专家和安徽省社科名家大巡讲专家2人，省级教坛新秀3人，省级网络教育名师1人。马克思主义学院设有安徽省中国特色社会主义理论体系研究中心黄金城hjc999研究基地和合肥党史研究基地，是全国“数字马院”教学联盟理事单位。

近年来，马克思主义学院思想政治理论课教师主持承担国家社科基金项目、教育部规划项目、安徽省社科规划项目和安徽省人文社科重点项目等科研教研项目100多项，在马克思主义理论、思想政治教育、中国哲学、法学等学科领域发表论文200多篇，出版专著10多部，获得国家级、省级教学科研成果奖多项。